Le prime tracce che riguardano la chiesa di Santa Giustina risalgono al 1114, appare infatti un riferimento nella Bolla di Papa Lucio II.
Ciò fa supporre che la chiesa dovesse esistere già da tempo, ma non si sa se era situata sulla riva del fiume Marecchia o dove si trova oggi, cioè nelle vicinanze della Via Emilia, dove sembra sia stata spostata a causa delle periodiche e distruttive piene del fiume Marecchia.

Gli eventi bellici che rigirarono Rimini nell'estate del 1944 condussero alla completa distruzione della chiesa, poiché il campanile venne usato dal Comando tedesco come osservatorio e, per questo divenne oggetto di ripetuti bombardamenti aerei, in seguito anche la chiesa rimase gravemente danneggiata. Inoltre poco prima di andarsene i tedeschi distrussero il campanile con una fortissima carica di esplosivo, provocandone il crollo e l'abbattimento di esso su ciò che restava della chiesa, la quale cadde in rovina.

Dal 1983 ad oggi la chiesa e gli edifici attigui sono stati restaurati del tutto.
L’interno è stato rifatto completamente, il pavimento della chiesa e in marmo granito rosa , mentre i 14 finestroni sono decorati con una serie di vetrate istoriate raffiguranti il Vangelo e ritratti di Santi.
Il presbiterio della chiesa presente un tabernacolo opera degli artisti di Ortisei.

Nella chiesetta invernale troviamo un affresco di Gioacchino Vaccarini, sul mistero di Gesù Cristo come albero della vita.
Ultimamente sono state aggiunte due finestre istoriate con due angeli adoranti e il Gesù Bambino di Praga.
Dal 1996 la parrocchia è un punto di riferimento per i devoti italiani di Santa Teresa di Lisieux di Gesù Bambino e del Volto Santo, infatti entrambi sono stati ospitati più di una volta, con grande affluenza di pubblico.